2차 드래프트는 각 구단별 보호선수 35명을 제외한 소속선수, 육성선수, 군보류선수, 육성군보류선수가 지명대상. 입단 1~3년차 소속선수, 육성선수, 군보류선수, 육성군보류선수 및 입단 4년차 소속선수, 육성선수 중 군보류 · 육성군보류 이력이 있는 선수, 당해연도 FA(해외복귀 FA 포함), 외국인선수는 지명에서 자동 제외.

각 구단은 3라운드까지 지명 가능했으며, 2025 KBO 리그 성적 하위 3개 구단(키움, 두산, KIA)은 최대 2명의 추가 지명권 부여. 각 라운드 별 구단 양도금은 1라운드 4억원, 2라운드 3억원, 3라운드 2억원이며 4라운드 이하 1억원.

지명 선수는 2026 또는 2027 시즌 의무적으로 현역선수(1군 엔트리)로 등록해야 하는데 단일 시즌 내에 1라운드 지명 선수는 50일 이상, 2라운드 지명 선수는 30일 이상 등록해야 하며, 3라운드 이하 지명 선수는 의무 등록 기간 제외. 단 선수가 부상자 명단 또는 치료ㆍ재활선수 명단에 단일 시즌 내 30일 이상 등록한 경우 예외로 인정.